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故事发生在日本江户时代中期，冷酷无情的仙台藩财政担当萱场杢（松田龙平饰）推动出台严苛的税负措施，将财政压力全部转嫁到农民和商人头上。不堪重负的人们或者破产，或者举家逃亡。户籍的流失并未警醒当政者，反而将固有的赋税平摊到留下的人们的头上，使局势进一步恶化。酿酒商谷田屋十三郎（阿部隆史饰）十分担心家乡的未来，为此他找到号称全町最聪明的菅原屋笃平治（瑛太饰）商讨计策，进而制定出向藩主放高利贷，并赚取巨额利息的计划。在此之后，十三郎和弟弟浅野屋甚内（妻夫木聪饰）以及一众好友合力奔走，如果集资目标达成，他们将获得高

此次的剧场版是小说第一卷内容的再构成，重现了夏娜与悠二相遇相识的过程，也是TV动画版中曾播出过的情节。不过作为剧场版，会在画面、情节等诸多方面做出更大的改进。

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治

故事的主人公是喜欢魔法的高中生黒羽快斗，他的父亲是在8年前因事故而死亡的大魔法师·黒羽盗一。某日，他在房间一栋隐秘门中发现传说中的怪盗基德的衣服，于是他打算会见基德。在那里，他遇到了父亲过去的同伴·寺井，并得知父亲就是怪盗基德，而且死因不是事故死而是他杀。于是，快斗为查出杀害父亲的犯人，而自己成为了基德。本作和《名侦探柯南》有不少共通点。例如怪盗基德在两作中均有出现、迷之组织的登场、主人公真正身份不被世人所知，等等，感觉就像是融合了魔法元素的柯南。

在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现了一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。