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宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。

【本片部分专有名词译名由THE一灭寂汉化组提供】一直在相互争斗、来自5个异世界的来访者「Zu002FX」缔结了休战条约，人类因此回避了灭亡的危机。主人公·各务原安昙接受青之世界的命令，与成为其搭档的Zu002FX·莉洁尔一同前往新设的女子学校「富士御崎学院」。在这所学院中，她们究竟会遭逢怎样的「命运」？

本片讲述利用能检测出人们杀意的装置以及利用思想粒子做出的“井”，来探知事件真相的科幻故事。

国中时期最后的大赛，率领因为学校整合关系面临废校的赤成中学参赛，却在第一回战中投出暴投，而输掉比赛的投手泽村荣纯，本来决定要与国中时期的朋友一同考入故乡的高中，却被东京的棒球名校青道高中挖角，并在那里遇见了天才捕手御幸一也，就此改变了他的人生…

少女香澄一直寻找着幼年时在欣赏星空时所感受到的那股星之鼓动……直至高中入学后不久，香澄在古物商仓库中偶然看见了一把星型吉他、她心中那股封闭已久的情感就此流露而出。以此为契机、香澄与4位同样在寻找光辉之所的女孩们相遇，一同演奏出了单凭一人无法表现出的音乐，共同朝着梦想迈进！

私立稀星学园高尾分校初中部，那是与有着表演系的本校不同的非常普通的学校。某一天，一名放弃了梦想的少女转入这所学校时，这个故事便开始了。少女的名字叫做式宫舞菜。她有着超人的歌舞感，因为某件事从本校转到了高尾分校。舞菜虽然打算在这里平凡度日，却遇上了谣舞蹈部这个濒临废部的社团。原本进行舞蹈活动的这个社团为了避免被废部打算展开偶像活动——舞菜与同伴们一起，再次踏上了自己一度放弃的梦想之路。

21世纪，一直以来隐藏在历史暗处的兽人们的存在开始为人所知。曾是普通人类的影森满，某天突然变成了狸兽人。她为了逃避人类而前往的兽人特区“动物都市”，是十年前兽人为了像兽人一样活着而建造的兽人专属的城镇。满在那里与厌恶人类的狼兽人·大神士郎相遇，并和他一起行动。在此期间，她学习到自己在人类世界所不知道的“兽人们”的烦恼、生活以及喜悦。满为何会变成兽人呢？就在追寻谜底的过程中，她自身也被卷入了意想不到的巨大事件当中。

* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。rr星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。

富㭴勇太于初中毕业的时候，决定同时为自己举办中二病毕业的仪式。打算顺利度过高中生活的他，在开学日以最后的中二语录完全封锁这段黑历史。可惜天意弄人，勇太遇上了现任中二病患者暨同班同学小鸟游六花，更被对方看出中二病的残余症状。六花于是以此威逼勇太与她“立下契约”。对方的行为举止惹来了不少同学、家人、甚至青梅竹马的注目，使勇太在享受“现充”的生活同时，又充满著难言之隐……

由于各种原因导致失去住所的六花开始寻找新家，但过程并不顺利，最终来到了勇太的家里。然而，勇太的家人却留下勇太一个人到雅加达去了。现在开始的同栖生活！？这样想着心跳不已的两个人。但此时樟叶为了迎考而回到了家中。不知应该感到安心还是遗憾，3人开始了奇妙的共同生活。另一方面，原小鸟游家搬进了新的住户。那是以前勇太曾经憧憬的，自称为魔法魔王少女、索非亚琳·SP·撒旦7世的七宫智音……如此这般，仍然完全称不上普通的、勇太的高二第一学期开始了。