《少年黄飞鸿》讲述了在清朝道光年间，少年时代聪明绝顶、机智过人调皮捣蛋的黄飞鸿，与一帮伙伴，锄强扶弱，与黑恶势力作斗争，并最终成为一代宗师的故事。

清朝末年，朝政腐败，慈禧命李鸿章召集天下武林高手参加“狮王大会”，争夺“中国狮王”称号，同时挑起武林相残以此控制武林。黄飞鸿与弟子梁宽陪十三姨回到京城，见街头各派武林高手连番械斗，顿觉“狮王大会”定会变成武林各派相互倾扎的场所。土豪赵天霸为独霸一方，蓄谋铲除异己，黄飞鸿在上书李鸿章要求停办大会遭拒绝后，下决心阻止赵天霸夺取“狮王”美誉。英、法等国大使密谋在“狮王大会”上刺杀李鸿章的阴谋被十三姨识破。黄飞鸿与鬼脚七联袂出狮，力战群雄，最后打败赵天霸，夺得“中国狮王”称号。

一代宗师黄飞鸿正恶战贩卖鸦片的汉奸、洋人，却意外落入时空隧道，误闯当代毒贩交易现场。陷入时空困境武艺尽失的黄飞鸿，机智侠义的准警校学员林耀辉，古灵精怪的瑜伽师，无辜卷入的咖啡店员，面对时空穿越学来一身武艺的黑帮头领，布下天罗地网的贩毒集团，一场恶斗一触即发……看摩登黄飞鸿如何寻找时空之门中遭遇凶险搏杀，行侠仗义，找到回家的路。

这是黄飞鸿年轻的故事，他注定成为时代的宗师，在武侠世界中一个永恒的传奇。 1868年的清末，朝廷腐败让人民生活备受煎熬。在广州，黑虎帮和北海帮子两大恶势力横行于黄埔港。他们以暴力威胁统治在港口的穷苦人民，让他们生活在水深火热之中。黑虎帮的老板雷公（洪金宝 饰）视黄飞鸿（彭于晏 饰）如己出，但阿飞背后另有故事，心中更另有计划。他和肝胆相照的朋友们设了陷阱，救出穷苦的人们，更公开与雷公进行生死决斗。

清朝末年，朝廷外忧内患，急需聚集民心，激发人们的爱国热情拥护朝廷。慈禧太后为了宣扬国威、鼓励习武之风，在李鸿章的提议下决定举办一场举世瞩目的狮王争霸赛。 黄飞鸿携十三姨、徒弟梁宽进京与父亲黄麒英相叙，并协助开办“宝芝林药厂”事宜。在马家堡车站与黄飞鸿同行的十三姨遇见了老同学俄国人杜文奇，他表面在领事馆做翻译，实际上是一名间谍。后得知俄国人欲刺杀李鸿章，民族大义在前，毅然参加狮王大会，并成功救下李鸿章并说明治国策略的故事。

清朝末期，清政府由于闭关锁国导致经济衰退。黄飞鸿因民族大义、家国情怀而错过与十三姨的婚事，导致十三姨心灰意冷出走上海。黄飞鸿为了寻回十三姨加上找回丢失的墨龙图也随后前往上海。十三姨来到上海投奔了自己的外国同学皮特，多年来皮特一直对十三姨心存爱意，对十三姨的到来十分的开心。但十三姨心中还是惦记着黄飞鸿。而在寻找墨龙图的过程中，黄飞鸿陷入黑帮纷争，遭人陷害不幸入狱...

广州宝芝林馆主黄麒英惩恶济世，受人景仰，唯妻娴、子飞鸿好闯祸，常令英啼笑皆非。一次足球比赛，鸿误伤校长，被勒令退学，得乡绅纳兰天相助，鸿方得复学，英、天惺惺相惜。武举人梁威荣归，风头被英所抢，其子梁宽在校又被鸿欺负，对英一家深表不满。赠灾义演，威、鸿生误会大打出手，竹棚因而倒塌，村民走避不及，酿成巨灾。

一心想去广州闯荡的少年黄飞鸿，无奈被迫去上学后，通过周十三和陆一白的帮助，最终拿到了去广州考试并有可能留洋的资格。去到广州后，却发现了海公公为首的朝廷保守派对此番赴广州的考试的阴谋，他们决意阻挠洋务派的留洋行动，最终黄飞鸿以一人之力与海公公抗衡，挽救大局，得以让留洋行动正常进行。

晚清末年，封闭多年的古老中国被西方洋舰大炮轰开了大门，时代发生着具大的变化。正值壮年的拳师黄飞鸿面对这大时代的变迁，感到非常迷惘。他曾苦练了三十多年的拳脚，面对洋枪洋炮，十八般武艺还有施展的空间吗？从医多年的中医医术，面对着西方的新医术。还有生存的余地吗？刘家辉饰黄飞鸿刚从西方回来的十三姨，带给黄飞鸿更大的冲击。十三姨精通洋文，生活西化，甚至还学会西洋射击、剑术，这些，不仅使黄飞鸿耳目一新，更令黄飞鸿的徒弟们大开眼界，他们决心要适应潮流，跟上潮流，做与时代并进的青年。这些，顿时使人到中年的黄飞鸿无所适从。

八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿与父亲黄麒英、十四姨、徒弟梁宽、鬼脚七一行人南下番禹，欲与十三姨、猪肉荣、牙擦苏汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀……