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卡勒姆·林奇在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由

格萝妮娅是作恶多端的黑帮老大的女儿，被父亲安排进入娱乐圈当明星，无奈星路失败，过着行尸走肉般的生活。父亲为了在激烈的帮派斗争中巩固自己的黑帮地位，自作主张将女儿嫁给自己最大的威胁对象菲奥纳，不料女儿却有一个疯狂的计划。

卡勒姆·林奇在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由

格萝妮娅是作恶多端的黑帮老大的女儿，被父亲安排进入娱乐圈当明星，无奈星路失败，过着行尸走肉般的生活。父亲为了在激烈的帮派斗争中巩固自己的黑帮地位，自作主张将女儿嫁给自己最大的威胁对象菲奥纳，不料女儿却有一个疯狂的计划。

影片延续前作剧情，故事从“小丑”亚瑟（华金·菲尼克斯 饰）被捕后展开，他在狱中等待着审判日的到来。然而，就在亚瑟与自己的双重人格缠斗之时，他不仅偶遇真爱，甚至还释放出一直潜藏在内心的旋律。

1995年，美国黑人记者朗斯顿·惠特菲尔德去南非采访“真理及和解”委员会，这是前圣公会大主教迪斯蒙·图图领导的种族隔离调查组织，他们听证的目的不仅是要弄清楚那些野蛮的犯罪，还要与受害者一起与种族主义者作斗争。在这期间，他结识了一位南非白人女记者安娜·马兰，她也正在为电台做听证会报道。两人在种族隔离时代的尾声中，开始了一段黑白恋情。

圣诞节前夕，空气中弥漫着节日的气息，“越州47”航班上，坐满了即将赶回家同亲人团聚的乘客，其中，有两个人显得那样的格格不入，他们是穷凶极恶的罪犯史达斯和韦弗，两人被四名警察押解着，前往洛杉矶。最坏的情况发生了，史达斯袭击了警察，击毙了机长，一时间，飞机进入了无人驾驶的危险状态。就在这个节骨眼上，机智的空姐泰利果断出手，飞机重新回到了掌控之中，然而，真正危险的不仅仅是前方即将飞入的雷暴区，还有阴险狡诈，杀人如麻，对泰利垂涎已久的韦弗。