已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。船员们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。不久到达波利斯的4名队员，而等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前却出现了人类认定已经灭亡了的怪兽。　　就在同一时刻,驾驭怪兽的青年也出现了!而他的目的又是什么呢......?

本片改编自真实事件，尼古拉斯·凯奇将饰演查尔斯·巴特勒·麦克沃伊上校，该舰于1945年7月在南太平洋被日本潜艇鱼雷击沉。全舰1196名官兵有大约300名随舰沉没，其余的在等待救援的时候面临着日晒、脱水、盐水浸蚀和鲨鱼攻击。

从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了。

一个衣冠楚楚的魁北克中年男人用敏锐的目光凝视着镜头，这个男人名叫波利斯·马利诺夫斯基，他是一个看起来事业成功的商人。在一家豪华的服装店购买价格不菲的衬衫对店员那种盛气凌人的态度，和随后开会中对于下属的一无所知都展现了他那种霸道总裁式的轻蔑与自豪，仿佛拥有了一切。

在遥远的未来，人类已将文明扩展至宇宙中诸多行星。某日，宇宙盘龙号运输船奉命前往调查突然通讯断绝的行星波利斯，却在接近时遭遇神秘能量冲击，不幸坠毁于该星球。然而船员们发现波利斯行星上的基地已然毁灭，早已灭绝的怪兽随处可见，整个行星沦为怪兽横行的法外之地。正当众人惊愕失措之际，一位能够召唤怪兽作战的神秘青年“雷”悄然现身……