1920年，为躲避中国大陆动荡不安的时局，一代功夫名家费柴携子玉书来到香港，出于安全考虑，他隐姓埋名做了一名剃头匠，虽收入微薄，却好在平安。唯一令他烦心的是玉书无心向学贪读漫画，责骂多次亦无效。某日，玉书来到警司家，无意间发现他正与黑帮分子王正利做贩卖人口的非法生意，非常气愤，又见王正利欲对警司下女小茹不轨，玉书再也抑制不住愤怒，一番打斗，小茹被救出，玉书得罪警司与王正利。其后，费柴与玉书再无宁日，就在二人无法招架恶势力狠毒的蝎子功时，漫画书帮上大忙。

1800年前，中国流传着一种古老的拳法——北斗之拳。该拳法以人体内部穴道为打击对象，由内至外达到毁灭对手的目的。为了防止武功外泄，北斗之拳向来一子单传，只有真正的强者才可成为拳法的继承人。至琉泉一辈，他收养了三个养子，分别是拉奥、托奇和健四郎，北斗之拳终于迎来1800年来最强的时代。与此同时，地球上愚蠢的统治者发动无休止的战争，最终导致人类文明毁灭，世界堕落到暴力至上的时代。在乱世之中，三兄弟以不同的方式展开了波澜壮阔的人生……

愚蠢的人类被贪婪所驱使，按下了那枚摧毁文明的按钮。浩劫过后，人类世界退回到暴力血腥的原始阶段，而在这混乱的世道中，拉奥所统领的拳王军所向披靡。当初，拉奥作为大师兄，曾和健四郎一同学习北斗神拳。这个有着1800年历史的暗杀拳法，始终奉行着唯一继承人的准则。拉奥虽然实力雄厚，却始终缺乏健四郎的悲悯之心。当后者成为北斗神拳的继承人化身为救世主时，拉奥转而走上更为黑暗的道路。当拳王军的铁蹄已经统治这个国家之时，南斗自由军揭竿而起，并邀请健四郎一同对抗他的宿敌——拳王拉奥……

秉承世代单传铁规的北斗之拳，迎来1800年来最鼎盛的时刻。在琉泉的四名养子中，拉奥和托奇是公认的继承人人选。然托奇此时已身染重病，崇尚暴力的拉奥又与北斗之拳的宗旨相悖，琉泉最终选择健四郎为北斗之拳的继承人。正值此时，愚蠢的统治者按下了毁灭世界的核武器按钮，在接踵而至的爆炸中，托奇和健四郎等人失散。多年后，托奇的健康不断恶化，他逐渐走到生命的尽头。然而，他和拉奥之间仍有未完成的约定，这也正是他们兄弟无法逃脱的宿命……